Xuất phát từ yêu cầu của Bộ Quốc phòng và Quân chủng Hải quân, Quân cảng Sài Gòn cần có một lực lượng hoa tiêu Quốc phòng để dẫn dắt tàu quân sự hiện đại của Hải quân, các tàu của Quốc tế, Hải quân các nước đến Việt Nam; và từ yêu cầu SXKD của Tổng công ty Tân cảng Sài Gòn - cần có một đơn vị hoa tiêu riêng để chủ động trong điều hành.
Ngày 27 tháng 10 năm 2008, Bộ trưởng Bộ quốc phòng ra quyết định số 3475/QĐ-BQP thành lập Công ty TNHH Một Thành viên Hoa tiêu Tân Cảng, trực thuộc Tổng công ty Tân cảng Sài Gòn (TCT TCSG).
Năm 2020, Đảng ủy Công ty Hoa tiêu Tân cảng đã đoàn kết, sáng tạo, linh hoạt, đề cao trách nhiệm lãnh đạo, chỉ đạo hoàn thành toàn diện các mặt công tác, nổi bật là: Hoàn thành tốt nhiệm vụ hoa tiêu dẫn tàu quân sự; chủ động huấn luyện, sẵn sàng phương án dẫn tàu theo đội hình dẫn tàu của Hải quân ASEAN, góp phần làm tốt công tác đối ngoại quốc phòng; thực hiện tốt công tác cứu hộ, cứu nạn và phòng chống thiên tai, dịch bệnh; bảo đảm an ninh cảng biển, an toàn đơn vị.
Trong những năm tiếp theo, Công ty sẽ tăng cường đầu tư, hiện đại hóa trang bị kỹ thuật gắn với ứng dụng thành tựu cuộc cách mạng công nghiệp 4.0 để tiếp nhận, chuyển giao công nghệ tiên tiến trên thế giới; chăm lo đời sống vật chất, tinh thần và tạo điều kiện tốt nhất cho người lao động để thỏa sức cống hiến vì sự phát triển bền vững của Công ty nói riêng và TCT TCSG nói chung.
